阿尔托大学的创办与芬兰近年来推行的高等教育改革、尤其是高等院校结构重组密切相关。该大学的一项*是：到2020年，在其重点发展的学科领域内成为*上*的研究及教学机构之一。

       2004年，由芬兰财政部的Anne Brunila*的工作组指出现今芬兰拥有为数过多的大学及研究机构，嗜待整合与统一。2005年开学典礼上，时任赫尔辛基艺术设计大学校长于尔约索塔马（Yrjö Sotamaa）提出了关于合并成立阿尔托大学的构想。索塔马认为此举动可以创立一个独特的多学科交汇的创新性大学[7]此构想引起了芬兰教育部的高度重视，与此同时任命Raimo Sailas调研合并三所大学的可能性。2007年，首都地区内三所大学的合并计划启动，并成为芬兰高等教育改革进程中的一项重要举措。 2008年5月29日，政府宣布新合并的大学的命名为表彰和纪念在科技，经济及艺术领域做出重大贡献的芬兰*建筑大师阿尔瓦尔阿尔托。原赫尔辛基理工大学校园内的许多建筑即为阿尔瓦尔阿尔托的作品。2008年6月25日，芬兰教育部部长Sari Sarkomaa与芬兰工商业界的代表们在首都赫尔辛基签署了阿尔托大学宪章。[10][11]8月15日，阿尔托大学基金会董事会成立，共有7名成员。其中，通力电梯总裁马蒂阿拉胡赫塔（Matti Alahuhta）和欧洲科学基金会CEO玛丽亚马卡罗夫（Marja Makarow）分别担任董事长和副董事长。12月19日，董事会提名现任瑞典皇家工学院副校长的芬兰人图拉泰里为阿尔托大学首任校长。 阿尔托大学与2010年1月1日开始运行，在创立该大学的过程中，芬兰大学法也被重新改写以便允许大学基金会筹集各界的捐赠。 阿尔托大学基金会将在2010年之前筹集7亿欧元的资金；其中5亿来自芬兰政府，2亿由芬兰工商联合会协调、向工商界筹集。